在民事訴訟程序中，判決的公正性與合法性不僅取決於實體認定是否正確，更須奠基於程序之嚴謹。而法院組織的合法性是程序正義的核心要素之一，若有所違反，將直接動搖判決的根基。
我國《民事訴訟法》第469條第1款即明定，若「判決法院之組織不合法」，其判決當然為違背法令，屬於上訴第三審之事由，可見其重要性。所謂「法院組織不合法」，簡言之，即指參與裁判之法院或法庭，其組成方式、人員資格或運作形式，違反法律所強制規定之組織架構與程序要求，導致審判主體本身存在根本性瑕疵。
此一概念之內涵，可從法律明文對法院組織形式的要求來理解。一般而言，法院組織是否合法，主要涉及兩個層面：
一、「法官資格」之合法，例如法官是否具備法定任用資格、是否有依法應自行迴避或經當事人聲請迴避而未迴避之情事（此為同條第2款之規定）。
二、「法庭組成」之合法，即法庭應以何種形式（獨任制或合議制）審理案件。
法律基於案件性質、審級或訴訟標的之重要性，常明定某些事件「應行合議審判」。所謂合議審判，係指由三位或五位法官組成合議庭，共同參與審理、評議並作成裁判。若法律要求應由合議庭審判之事件，法院卻僅由一名法官獨自進行實質審理並作出裁判，即屬法院組織不合法。因為此時作出判決的「主體」，並非法律所預設、經由合議機制運作之合議庭，其組織型態自始存在瑕疵。此種瑕疵並非輕微之程序違誤，而是足以否定判決本身效力之重大程序缺陷。
最高法院114年度台抗字第2號民事裁定更明確揭示此一原則：「按訴訟標的之價額，由法院核定。民事訴訟法第77條之1第1項定有明文。所謂法院係指受理訴訟事件之法院，其於應行合議之事件，則指合議庭而言。查原裁定係就抗告人提起第二審上訴及為訴之變更、追加而核定其上訴利益及訴訟標的價額，並據以命抗告人補繳第二審裁判費，而關於核定上訴利益及訴訟標的價額部分，應由合議庭行之，乃原法院僅由審判長一人為之，即有法院組織不合法之違誤」。
背後的法理在於，合議制之設計目的在於集思廣益，透過多位法官的共同參與與相互制衡，確保裁判之慎重與妥適，特別是在涉及當事人審級利益、訴訟門檻（如裁判費核定）或重大實體權利的事項上，法律特以合議制作為程序保障。若允許審判長或任一法官可取代合議庭行使職權，無異於架空法律對審判組織的強制規定，當事人應受之合議審判保障將蕩然無存。
《民事訴訟法》第469條所列各款事由，更是屬於「判決當然為違背法令」之情形，當事人得以之為由提起上訴第三審，且第三審法院無須審酌該違誤是否影響判決結果，即應予以廢棄原判決。此乃因組織不合法等瑕疵，已嚴重侵蝕司法裁判之正當性基礎，其本身即被視為對程序正義之重大背離，判決因此帶有根本性缺陷。
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